2050年代初頭、突如出現した未知の生命体「オラクル細胞」は、地球上のあらゆる対象を「捕喰」し始めた。全てを喰らい、凶暴な生命体として多様に分化を遂げるその存在を、いつしか人は、畏怖を持って「アラガミ」と呼んだ。既存の兵器はアラガミの前に一切効果が無く、都市文明は崩壊し、人類は徐々に生息圏を奪われていった。

そんな人類に一筋の光明がさす。オラクル細胞を埋め込んだ生体兵器「神機」が開発され、それを操る特殊部隊、通称「ゴッドイーター」が編成された。
荒ぶる神々に虐げられた世界で、「神を喰らうモノ」の明日なき戦いの幕があがる―。