近未来、異国の属国となったとある国で生きる少女・マサムネ。

古来より国を治めてきた王族である「ミカド」の護衛を代々行う一族の当主となった彼女は、その使命を果たすため、ミカドが参加する和平会談の場に向かっていた。

だが、時を同じくして、異国の属国下より再び〝サムライの国〟を取り戻すために武力統治を目指すタカ派の新政党・ミツルギ党によって内乱が発生してしまう。
ミツルギ党の党首イワクラの謀略によって、濡れ衣を着せられ窮地に陥るミカドだったが、間一髪、間に合ったマサムネと共にその場から逃走することに成功する。

ミカドを狙うイワクラの追手から逃れるため、マサムネはミカドと共に、自身の故郷である秋水の里へと向かうのだった。

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