2006年、夏。５年生の尾崎竜平は、父親の昇平が小学生のときに書いた「大東京探検記」というノートを見つける。そこで竜平はチャット仲間の俊と義雄を誘って、新しく探検隊を結成。
夏休みのある日、勝手についてきた弟のサスケを加えた４人で、地図に記された秘密の宝物をめざして、マンホールから地下に降りる。
やがて少年たちは地下で暮らす又吉と偶然出会い、誰もいないと思われた世界に怪しげで、しかし気のいいオトナが数多く住み着いていることを知る。
子どもたちは住人に歓迎されるが、それで何かのタガが外れたのか、旧日本陸軍の生き残りと称する山下老人や、義雄のいとこの桃代までも巻き込んで、居住地は過激派の繰り出す火炎瓶と38歩兵銃の銃弾が飛び交う戦場となる。
果たして、地下に隠された“日本の宝”の正体とは――？