ダム建設時に偶然発見された謎の遺物、アーティファクトの研究を行うために設立された国際連合黒部研究所。
世界各国の頭脳が集う研究所員の子女が通う立山国際高校には、研究所長の娘、白羽由希菜も通っていた。
時は2016年、夏。ひとりのサムライが、ふたたび目を覚ます。